Jag antar att ni har EPiServer CMS 4, eller? Det fungerar nämligen inte likadant i 5:an som 4:an. Det är också lite skillnader från olika versioner inom 4:an. Det är fullt möjligt att peka ut en plats där man vill att filer ska placeras. Man kan också skapa fler startpunkter genom att peka ut flera platser genom att skriva kod i filen web.config.

Denna text är hämtad ur en standardinstallation av 4.62 där inga ändringar har gjorts. 

 <handler customFileSummary="/docrepository/summary.config" pageDirectory="False" virtualName="Documents" virtualShare="True" type="EPiServer.FileSystem.Handler.VersioningFileSystem,EPiServer">
          <customSettings FilePath="/docrepository/" MaxVersions="7" />          

De vi kan se här är att den fysiska sökvägen till mappen heter docrepository genom customSettings FilePath="/docrepository/". Den ligger i samma mapp som din uploadkatalog. Det är ganska sannolikt att era ligger på samma plats, men för att vara helt säker på vart just era filer ligger så bör du kolla i web.config efter ovanstående kodsnutt.